Navalafuente  nació en el siglo XII gracias a los pastores que apacentaban sus rebaños con las abundantes y ricas hierbas que producían sus montes durante el verano. Las primeras casas se levantaron en torno a la fuente que alimentaba la Nava, dando el nombre al pueblo.

Durante la Edad Media perteneció al término de Bustarviejo, y éste al Sexmo de Lozoya (Segovia), el cual estaba rodeado de posesiones del Duque del Infantado, como el Señorío de Buitrago y el Real de Manzanares así como posesiones del Arzobispo de Toledo, como Uceda y Torrelaguna. Como parte del término del Sexmo de Lozoya, su dependencia última radica en la Comunidad de Ciudad y Tierra de Segovia, entidad exenta de obligaciones feudales y cuyas distintas contribuciones se realizaban directamente al Rey.

Durante los siglos XIV,XV y XVI fue ausente en la historia, existiendo luchas constantes por mantener los linderos y los derechos de paso y pasto que reclamaban los vecinos de Miraflores, Canencia y Cabanillas, obteniendo una sentencia del licenciado Aguilera favorable a Bustarviejo.

Felipe II inició una política de concesión de exenciones a muchos lugares, respecto a sus ciudades o villas, a cambio de fuertes sumas de dinero. Este proceder fue protestado por los representantes de las ciudades en las cortes de 1563 sin ningún resultado. Bustarviejo, con sus anejos Navalafuente y Valdemanco, se acogió a esta norma, debiendo en 1626 una cantidad de 442.500 maravedíes y quedando recogida en 1650 mediante privilegio Real la exención perpetua de Bustarviejo de la jurisdicción de Segovia. Esta independencia perjudicó a Bustarviejo, al perder poder e influencia sobre Valdemanco y Navalafuente y dentro de esta dinámica, en 1734, Navalafuente obtuvo el rango de villa independiente de Bustarviejo, villa a la que había estado ligada su historia.

En las 60 casas que formaban el pueblo vivían labradores, jornaleros y quienes ofrecían sus servicios: cirujano, sacristán, tabernero, molinero, herreros, abaceros y carreteros.

A comienzos del siglo XIX, una nueva estructura administrativa del Estado acabaría con la organización tradicional basada en “tierras”, introduciéndose en 1833 la división provincial, que no tenía en cuenta estos valores. De esta manera, incluso tras independizarse de Bustarviejo seguía perteneciendo a Segovia, Navalafuente pasó a formar parte de la provincia de Madrid.En este momento la mayor parte de la población se ocupaba en el sector agropecuario, con la producción de trigo, cebada, centeno y legumbres, manteniéndose el ganado lanar y vacuno.

Un molino harinero, junto con la fabricación de pan y vino, eran la única actividad industrial existente. También hay que destacar la existencia de varias canteras de cal en su término municipal.

La evolución de la población en Navalafuente apenas sufrió variaciones reseñables en este período de su historia. Durante la primera mitad del siglo XX hubo un ligero crecimiento demográfico que se estabilizó posteriormente. Durante los años 50 y 60 se produjo una fuerte caída de la población debido a la emigración del campo a la ciudad y el envejecimiento de la población ocasionando el abandono de las actividades agrícolas y ganaderas.

En la actualidad apenas se cultivan cereales, aunque si algunos productos de regadío, patatas y alfalfa.

Además de la ganadería, la segunda actividad económica en importancia es la construcción, favorecida por el crecimiento de las urbanizaciones consecuencia del fenómeno de la segunda residencia. Este fenómeno, junto con el deseo de escapar a la sierra de muchos madrileños, impulsa una nueva economía de servicios y un progresivo crecimiento de la población, que se ha duplicado en los últimos 10 años, llegando en la actualidad a los 1.258 habitantes.

LA BANDERA DE NAVALAFUENTE